คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีมหานคร ก่อตั้งขึ้นในปีพุทธศักราช 2535 โดย ศาสตราจารย์ นายแพทย์ ยงยุทธ สัจจวาณิชย์ มีวัตถุประสงค์เพื่อช่วยแบ่งเบาภาระมหาวิทยาลัยของรัฐในการผลิตบัณฑิตสัตวแพทย์ให้เพียงพอต่อความต้องการของประเทศที่มีการเจริญเติบโตทางด้านอุตสาหกรรมปศุสัตว์อย่างต่อเนื่อง และรวดเร็ว โดยเชิญ รองศาสตราจารย์ น.สพ.ดร.ดำรง พฤกษราช ดำรงตำแหน่งคณบดีท่านแรกของคณะฯ
เปิดรับนักศึกษารุ่นแรก ปีการศึกษา 2535 จำนวน 10 คน ปัจจุบันรับนักศึกษาปีการศึกษา 2561 เป็นปีที่ 26 และมีนักศึกษารวมกว่า 800 คน คณะสัตวแพทยศาสตร์มุ่งมันตาม ปรัญญาที่ว่าด้วย “คณะสัตวแพทยศาสตร์ มุ่งมั่นพัฒนาการเรียนการสอนและการวิจัยอย่างต่อเนื่อง” และ ปณิธาน “รู้จริง คิดเป็น ทำได้ดี มีจริยธรรม” ทางคณะฯ จึงมุ่งมั่นในการพัฒนาตนเองอยู่อย่างต่อเนื่อง เพื่อรองรับการเรียนการสอนทางด้านวิชาการ ผนวกกับการบริการสังคมในสาขาวิชาชีพ
ในปีพุทธศักราช 2539 ได้จัดให้มีโรงพยาบาลสัตว์เลี้ยงขนาดเล็ก และปรับปรุงเพื่อรองรับการเรียนการสอนที่มากขึ้น เป็นโรงพยาบาลสัตวเพื่อการสอนด้านสัตว์เล็กในปีพุทธศักราช 2551
ศูนย์ชันสูตรโรคสัตว์ ก่อตั้งขึ้นในปีพุทธศักราช 2540
เปิดโรงเรือนสัตว์ทดลองขนาดเล็กในปีพุทธศักราช 2541
ทางมหาวิทยาลัยฯ อนุมัติก่อสร้างอาคาร I และแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2543 เพื่อใช้ในกิจการโรงพยาบาลสัตว์เลี้ยงขนาดใหญ่
ปีพุทธศักราช 2550 คณะฯ จัดงานประชุมวิชาการทางสัตวแพทย์เป็นครั้งแรก
ปีพุทธศักราช 2551 มหาวิทยาลัยก่อสร้างอาคารเรียน R เพื่อใช้ในการเรียนการสอนของนักศึกษาสัตวแพทย์ และการให้บริการวิชาการ และบริการสังคม
ปีพุทธศักราช 2552 คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีมหานคร เข้าเป็นสมาชิก Asian Association Veterinary School ซึ่งการเป็นสร้างความร่วมมือทางวิชาการสำหรับสถานบันการศึกษาในระดับภูมิภาค
ทางคณะฯ เปิดหลักสูตร วท.ม. (สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพสัตว์) และ สก.อ. ให้การรับรองหลักสูตรตั้งแต่ปีการศึกษา 2552 เป็นต้นไป
ในปีพุทธศักราช 2554 คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีมหานคร ได้รับการตอบรับให้อยู่ใน List ของ American Veterinary Medical Association (AVMA)
ทางคณะฯ ได้เปิดรับนักศึกษาหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการพยาบาลสัตว์ ในปีพุทศักราช 2561
ส่วนในด้านหลักสูตร สัตวแพทยศาสตร์บัณฑิต ได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษาจากทบวงมหาวิทยาลัย (ตามหนังสือเลขที่ มท 0207 / 68098 ลงวันที่ 7 เมษายน 2541) ในด้านสถานที่และอุปกรณ์ที่จำเป็น มีการจัดตั้งโรงพยาบาลสัตว์เล็กเพื่อการสอนด้านสัตว์เล็ก ศูนย์ชันสูตรโรคสัตว์ โรงเรือนสัตว์ทดลองขนาดเล็ก ทั้งนี้เพื่อรองรับ การฝึกปฏิบัติงานทางด้านการเรียนการสอนของนักศึกษาสัตวแพทย์ และบริการให้กับฟาร์มสัตว์เลี้ยง และเจ้าของสัตว์ รวมทั้งการทำวิจัย เพื่อพัฒนาองค์ความรู้ที่เป็นประโยชน์ต่อการเรียนการสอนและพัฒนา การเลี้ยงสัตว์ให้ดียิ่งขึ้น ในปี พศ.2542 คณะฯ ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งโรงพยาบาลสัตว์เพื่อการสอนด้าน สัตว์ใหญ่และโรงเรือนสัตว์ทดลองขนาดใหญ่ เพื่อรองรับการให้บริการรักษาสัตว์ใหญ่ทั้งในและนอกสถานที่ และในปี พศ.2551 คณะฯ ได้สร้างอาคารเรียนบรรยายและปฏิบัติการทางพรีคลินิกและคลินิก รวมทั้งโรงพยาบาลสัตว์เพื่อการสอนด้านสัตว์เล็กแห่งใหม่ รองรับการเรียนการสอนทางพรีคลินิกและให้บริการรักษาสัตว์เล็ก รวมถึงสถานที่ ฝึกปฏิบัติงานทางคลินิกแก่นักศึกษาสัตวแพทย์ หลังจากนั้นในปี พศ. 2553 และ ปี พศ. 2555 ทางคณะฯ มีพัฒนาการทั้งทางด้านหลักสูตรเพิ่มเติม คือ มีการปรับหลักสูตรสัตวแพทยศาสตร์บัณฑิต ให้มีความทันสมัยสอดคล้องต่อการเปลี่ยนแปลงความต้องการของสังคม และกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ (TQF) เปิดหลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษา (วิทยาศาสตร์มหาบัณฑิต) สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพสัตว์