บัณฑิตศึกษา สาขาเทคโนโลยีชีวภาพสัตว์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีมหานคร เน้นสร้างบัณฑิตให้มีความรู้ ความเข้าใจ และมีทักษะในสาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพอย่างลึกซึ้ง บัณฑิตสามารถประยุกต์ความรู้ และสร้างนวัตกรรมโดยการใช้เทคโนโลยีชีวภาพเพื่อการผลิตปศุสัตว์ เพิ่มคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้นของสัตว์เลี้ยง และการอนุรักษ์สัตว์ โดยมีความตระหนักถึงผลกระทบทั้งในด้านศีลธรรม จริยธรรม สิ่งแวดล้อม เศรษฐกิจและสังคม เพื่อพัฒนาประเทศให้มีความยั่งยืน
สืบเนื่องมาจากปัจจุบันนี้มีการศึกษาค้นคว้าและวิจัยทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพอย่างกว้างขวาง มีการนำความรู้ในสาขาดังกล่าวมาปรับใช้ทางด้านสัตว์เลี้ยง ไม่ว่าจะเป็นการตรวจวินิจฉัยตลอดจนการรักษาทางด้านสัตวแพทย์ การผลิตสัตว์เลี้ยง การเพิ่มผลผลิตทางด้านปศุสัตว์ ตลอดจนการวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้ และนวัตกรรมเพื่อนำมาใช้ในการพัฒนาประเทศ การขาดบุคลากรทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพที่มีความรู้ความสามารถทั้งด้านทฤษฎี และปฏิบัติจึงเป็นอุปสรรคสำคัญในการพัฒนาประเทศ มหาบัณฑิตที่จบการศึกษาตามหลักสูตรนี้จะต้องเป็นผู้ที่มีศักยภาพในการปฏิบัติงานทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพเป็นอย่างดี มีความสามารถในเรียนรู้ได้ด้วยตนเองตลอดเวลา มีความสามารถในการวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้ใหม่ๆ เพื่อนำไปใช้ในการพัฒนาประเทศต่อไป โดยบัณฑิตศึกษา สาขาเทคโนโลยีชีวภาพสัตว์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีมหานคร มี 4 แผนการเรียน ประกอบไปด้วยแผน ก1 ก2 ข และ sandwich program ซึ่งนักศึกษาในทุกแผนการเรียนสามารถไปทำวิจัยยังมหาวิทยาลัยในต่างประเทศได้ อาทิเช่น ญี่ปุ่น จีน ออสเตรเลีย และสหรัฐอเมริกา